Analizar la presencia de cada patógeno que pueda haber en el agua llevaría mucho tiempo, sería complicado y costoso. Se puede analizar la presencia de organismos indicadores como una forma de evaluar la seguridad microbiológica del agua de consumo. La bacteria Escherichia coli (o E. coli) y los coliformes termotolerantes suelen usarse como organismos indicadores de patógenos fecales. Cuando estos organismos están en el agua, es probable que haya contaminación fecal.
En este documento, se describen los tres métodos principales para determinar la presencia de bacterias indicadoras en el agua de consumo: 1) presencia-ausencia (P-A), 2) número más probable (NMP) y 3) filtración por membrana (FPM).